Для того чтобы создать рисунок на прозрачном фоне, нужно в первую очередь определиться, какой предположительно будет цвет фона. Нужно также учесть замкнутые контуры внутри рисунка, которым нужно придать эффект прозрачности.

Первым делом заполняем фон цветом, близким к цвету фона страницы, на которую предполагается поместить рисунок. Если цвет неизвестен, закрашиваем контрасным цветом относительно краев, для того, чтобы впоследствии можно было легко выделить контур используя 'перо', 'магнитное лассо' или 'волшебную палочку'.

Далее выделяем рисунок. По моим наблюдениям, выделение используя инструмент 'перо' не желательно, так, как оно автоматически создает рабочий контур, а скругление не всегда желательно даже на 1 пиксел.

Теперь индексируем палитру и создаем новый альфа-канал. Все, что отмечено черным в альфа-канале будет в последствии прозрачным. Индексировать палитру до выделения не желательно, так, как изчезновение некоторых оттенков может повлиять на характер выделения.

Переходим к заключительному этапу: экспортируем в GIF альфа-канал.

В результате получаем GIF с прозрачным фоном.